TPMD ATGC Search Search
目前 TPMD 資料庫共有兩種搜尋介面,分別以文字及圖形方式呈現結果。

文字介面
        此介面收存各基因型態分析實驗室提供之常用微衛星標竿的詳細數據,包含:allele frequency、heterozygosity、allele的分子量範圍、基因圖譜的位置、及檢體數量。其它更詳細的微衛星標竿資料可經從連結功能由其它資料庫取得,包括UniSTSEnsEMBL和TPMD圖譜介面等。

計算Heterozygosity

  • Heterozygosity 計算公式為 : 假設此marker共有 1, 2, …, n個alleles,第 i 個allele之出現機率(frequency)為fi
統計資料
  • 微衛星標竿數目:1437
  • 最後更新日期:Feb. 05, 2005
圖譜介面
        本資料庫的微衛星標竿數據可依各式人類基因圖譜來展現,並同時比較三種族裔的heterozygosity數據,還可將所有的標竿與其它資料庫連結(例如EnsEMBL等),使縮小疾病基因區域及疾病候選基因選殖更為便利。

計算Heterozygosity

  • TPMD 標竿之heterozygosity數值是將各實驗室所得的heterozygosity針對其檢體數目作加權計算而得。譬如:第一個實驗室從N1個檢體數得到的heterozygosity為H1,第二個實驗室從N2個檢體數得到的heterozygosity為H2,依此類推,然後根據公式:,可計算出TPMD標竿之heterozygosity。
  • 白種人標竿的heterozygosity大部分是根據廠商提供之標竿數據,其他數據則參考The Center for Medical Genetics at Marshfield Clinic網頁。
  • 日本人標竿之heterozygosity是根據先前發表的論文。在dinucleotide markers部分根據J. Hum. Genet. (2001) 46:207-210,而trinucleotide和tetranucleotide markers部分則根據J. Hum. Genet. (2001) 46:448-445
統計資料
下載資料
        本資料庫的微衛星標竿數據可依染色體位置下載。

TPMD Data Contributors
        周玉山 博士         中央研究院
        李作卿 博士 台中榮民總醫院
        孫孝芳 博士 成功大學
        潘文涵 博士 中央研究院
        蔡世峰 博士         國家衛生研究院

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Last modified on Feb. 05 2005
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